La facciata
I lavori di restauro sono iniziati proprio dalla facciata nel 2003. L’intervento è stato di tipo conservativo, per preservare quel che restava dell’intonaco decorato. Sulla facciata, infatti, sono ricavati quattro quadri: il primo in alto, sopra il rosone, doveva contenere San Francesco che riceve le stigmate, oggi quasi irriconoscibile. I tre più in basso, sebbene molto rovinati, mostrano al centro la Santissima Vergine con San Bonaventura e il venerabile Scoto; ai lati San Bernardino e San Giovanni da Capistrano.
Durante i lavori del 2003 è stato sistemato anche il prospetto settentrionale del sagrato.
Gli interni
L’impostazione del progetto di restauro degli interni ha seguito una prassi metodologica basata sulla conoscenza preventiva del bene oggetto d’intervento. Sono state eseguite in tutte le cappelle delle accurate indagini stratigrafiche in modo da individuare gli strati sottostanti.
L’opera di restauro degli interni è stata realizzata in più fasi.
La prima ha interessato la cappella dell’Epifania e le prime tre cappelle sulla sinistra, tra le quali anche la cappella della Santa Croce in cui è stato ritrovato il ciclo di affreschi del XV secolo.
Durante la seconda fase sono stati ristrutturati l’abside, il presbiterio, le restanti cappelle sulla sinistra e la cappella dei Martiri d’Armenia, nella quale è stato recuperato un portale quattrocentesco con le sue colonnine ottagonali.
La terza fase ha previsto il restauro di tutta la volta della navata.
La chiesa oggi
Dopo tutti gli interventi di restauro, consolidamento della struttura e rimozione delle cause di degrado, la chiesa ha ritrovato il suo antico splendore: i busti in marmo guardano severamente; gli stucchi, le balaustre e gli altari risplendono nei loro colori e forme ritrovati; le statue lignee e i putti sorridono e ammiccano ai visitatori; la scenografia illusiva creata dai pittori “quadraturisti” riprende a stupire e divertire.
Il restauro ha restituito al complesso un pezzo della sua storia antica con il ritrovamento, nella cappella dei Martiri Francescani Giapponesi, del ciclo pittorico del XV sec, quindi presumibilmente molto vicino alla fase iniziale della chiesa. Accanto agli affreschi, il ritrovamento di una grande croce in terracotta. Il restauro qui ha voluto mettere in evidenza anche l’aspetto architettonico che doveva avere la cappella nelle origini.